人工濕地是一個綜合的生態系統，它應用生態系統中物種共生、物質循環再生原理，結構與功能協調原則，在促進廢水中汙染物質良性循環的前提下，充分發揮資源的生產潛力，防止環境的再汙染，獲得汙水處理與資源化的佳效益。
人工濕地的植物還能夠爲水體輸送氧氣，增加水體的活性。濕地植物在控制水質汙染，降解有害物質上也起到了重要的作用。
濕地系統中的微生物是降解水體中汙染物的主力軍。好氧微生物通過呼吸作用，將廢水中的大部分有機物分解成爲二氧化碳和水，厭氧細菌將有機物質分解成二氧化碳和甲烷，硝化細菌將铵鹽硝化，反硝化細菌將硝態氮還原成氮氣，等等。通過這一系列的作用，汙水中的主要有機汙染物都能得到降解同化，成爲微生物細胞的一部分，其余的變成對環境無害的無機物質回歸到自然界中。
濕地生態系統中還存在某些原生動物及後生動物，甚至一些濕地昆蟲和鳥類也能參與吞食濕地系統中沉積的有機顆粒，然後進行同化作用，將有機顆粒作爲營養物質吸收，從而在某種程度上去除汙水中的顆粒物。
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