吸泥機的運行控制采用兩種方式：
(1)定時啓動。可根據原水濁度、流量、加藥量等條件計算沉澱池汙泥量，調試沉澱池5min沉降比控制在10%～15%，並通過試運行摸索確定吸泥機自動間隔時間和每次啓動運行次數。啓動間隔時間和運行次數均可調整和設定。
(2)汙泥濃度探測器（汙泥界面探測器）控制啓動。當沉澱池底部汙泥濃度達到某一高度時，信號傳給控制器，控制器控制吸泥機操作。
控制器爲吸泥機配套的現場控制設備。控制器的控制功能除了能夠獨立完成吸泥機現場控制功能（現場操作功能）外，也能夠接受PLC系統的監控。設定四種工作方式：①連續往返運行；②運行到全程，返回原處，停桁車；③運行到全程的1/3處，返回原處，停桁車；④運行到全程的1/3處，返回原處，繼續運行全行程，返回原處，停桁車。
現場控制器提供下列供PLC系統的監視信號：“現場/遠方”、運行/停止、池端位置、虹吸狀態、排泥閥門狀態、綜合故障等信號，現場控制器能夠接受PLC系統的控制信號：開/停。
此外，通常平流池池底積泥高度不超過0.5m。加藥後混合反應絮凝後的絮體(矾花）顆粒、密度大，不易碎散，則沉澱效果好，汙泥界面比較容易分得清。反之，使用汙泥濃度探測器不十分理想。故使用汙泥濃度探測器（汙泥界面開關）控制吸泥機，亦需要通過現場調試.後確定控制軟件。
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