產甲烷菌、發酵細菌、產氫產乙酸菌和同型產乙酸菌等是厭氧生物處理的主要微
生物。
產甲烷菌是一個特殊的專門的生理群，形態多樣，具有特殊的細胞成分和產能代謝功能，可代謝氫氣、二氧化碳及少數幾種簡單有機物生成甲烷，是一種嚴格厭氧的古細菌。
發酵細菌主要是專性厭氧細菌，是一個非常複雜的混合細菌群，包括梭菌屬、丁酸弧菌屬和真細菌屬等。
產氫產乙酸菌主要爲產甲烷菌提供乙酸和氫氣，能促進產甲烷菌的生長。產甲烷菌能利用氫氣從而降低環境中的氫氣分壓，恰好有利于產氫產乙酸菌的生長，因而兩者之間存在共生現象。
同型產乙酸細菌是一類屬于混合營養型厭氧細菌的菌群，能利用有機質或者氫氣和二氧化碳產生乙酸。
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