生物膜法的操作簡單，一般只要控制好進水量、濃度、溫度及所需投加的營養，處理效果一般比較穩定，微生物生長情況良好。在廢水水質變化，形成負荷沖擊情況下，出水水質惡化，但很快就能夠恢複，這是生物膜法的優點。生物濾池的運行中還應注意檢查布水裝置及濾料是否有堵塞現象。布水裝置堵塞往往是由于管道鏽蝕或者是由于廢水中
懸浮物質沉積所致。濾料堵塞是由于膜的增長量大于排出量所形成的。所以，對廢水水質、水量應加以嚴格控制。當發現濾池堵塞時，應采用高壓水表面沖洗或停止進人廢水，讓其幹燥脫落。有時也可以加人少量氯或漂白粉、破壞濾料層部分生物膜。生物轉盤一般不產生堵塞現象，可以用加大轉盤轉速控制膜的厚度。在正常運轉過程中，除了應開展有關物理、化學參數的測定外，還應對不同層厚、級數的生物膜進行微生物檢驗，觀察分層及分級現象。生物膜設備檢修或停產時，應保持膜的活性。對生物濾池，只需保持自然通風或打開各層的觀察孔，保持池內空氣流動; 對生物轉盤，可以將氧化槽放空或用人工營養液循環。停產後，膜的水分會大量蒸發，一旦重新開車，可能有大量膜質脫落，因此，開始投人工作時，水量應逐步增加，防止幹化生物膜脫落過多。一旦微生物適應後，即可恢複運行。
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